Если есть доход из нескольких источников, каждый налоговый агент удерживает налог только со своей части, не учитывая совокупности налоговых баз в целом по налогоплательщику. Например, две компании платят по 3 000 000 Р. Они удерживают НДФЛ по ставке 13%, хотя общий доход за год больше 5 000 000 Р.
Потом налоговая получит информацию обо всех выплатах, обобщит ее, посчитает превышение и начислит НДФЛ по повышенной ставке. Сумму к доплате укажут в налоговом уведомлении — заплатить ее нужно будет до 1 декабря следующего года.